All'interno di Matrix la gente vive senza accorgersi minimamente della propria condizione di schiavitù. Soltanto pochissime persone si rendono conto che "qualcosa non va", percependo una sensazione di stranezza ed estraneità che non riescono a descrivere. Una di queste "imperfezioni del sistema" è Thomas Anderson, conosciuto nell'ambiente degli hacker come "Neo".
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Convinti che Neo sia "l'eletto" - colui che sarà in grado di restituire la libertà alla specie umana - un gruppo di umani facenti parte della Resistenza, fra cui spicca la figura di Morpheus, il capitano della nave da guerra Nabucodonosor, lo contatta, convincendolo ad uscire da Matrix e ad essere riportato nella vera realtà. Qui Neo scopre che, nel mondo reale, l'uomo è letteralmente "coltivato" dalle macchine. Neo acquisterà consapevolezza poco a poco delle proprie doti eccezionali, divenendo in grado sempre più di contravvenire alle regole di Matrix, acquisendo poteri pari o anche superiori a quelli di un programma della Matrice. Neo incontrerà molti software; in Matrix ogni programma, in quanto tale, ha un proprio scopo e, quando non lo compie, viene distrutto. Ad esempio, l'Oracolo, un software con le sembianze di una donna che ha come scopo quello di sbilanciare l'equazione che il suo opposto l'Architetto" (ovvero il creatore di Matrix), tenta di bilanciare. Attraverso una morte virtuale per mano dell'Agente Smith, uno dei programmi che hanno il compito di eliminare le "imperfezioni", e la sua successiva "resurrezione" per merito dell'amore sbocciato con Trinity, anche lei membro della Nabucodonosor, Neo prende finalmente coscienza di essere stato scelto per liberare l'umanità dal giogo delle macchine, sconfiggendo gli agenti e riportando la speranza.
