Al sedicenne Jacob il nonno raccontava le storie avvenute in un orfanotrofio che ospitava ragazzi molto particolari e dotati di strani poteri. Alla morte del nonno, il ragazzo si reca nella dimora che l'anziano aveva in Galles, per scoprire i resti della casa per bambini speciali della signora Peregrine.
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Jacob capisce così che dietro l'istituto si nascondono misteri inquietanti e ha la sensazione che i suoi ospiti, ormai defunti, siano ancora nei dintorni.
