Una covata di pesci pagliaccio viene distrutta dall'attacco di un feroce barracuda. La mamma muore. Sopravvivono il papà, Marlin e un unico piccolo che viene chiamato Nemo. Nemo ha una pinna atrofizzata e il padre è iperapprensivo nei suoi confronti al punto di desiderare che l'inizio della scuola venga ritardato.
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Un giorno però Nemo viene catturato da un dentista appassionato di pesca subacquea. L'acquario sarà la sua prigione. Ora Marlin deve vincere tutti i suoi timori per ritrovarlo. Verrà aiutato da Dory, pesce femmina simpaticamente smemorata.